A l'ordre d'aujourd'hui, le Bujinkan (Maison du dieu de la geurre), créé en 1972 par Masaaki Hatsumi à la mort de Takamatsu, regroupe 9 anciennes écoles traditionnelles japonaises. Chacunes d'entres elles possédaient des techniques et des idéologies qui leurs étaient propre. Ainsi lorsque l'on étudit le ninjutsu, on pourrait presque dire que l'on ne pratique pas un art martial mais 9 Arts martiaux.

Dans ces 9 écoles (Ryu), 6 proviennent du Bujutsu, spécialisées dans le combat à mains nues, avec et contres les armes, issus des samuraïs (Bushi). Et 3 proviennent du ninjutsu, spécialisées dans l'espionnage et le combat. Ces écoles et leurs spécialitées sont les suivantes :

• Togakure Ryû - Ninjutsu
• Gyokko Ryû - Kosshijutsu
• Shinden Fudô Ryû - Dakentaijutsu
• Kukishinden Ryû - Happô Hikken Jutsu
• Kotô Ryû Koppô - Jutsu
• Gikan Ryû Koppô - Jutsu
• TakagiYôshin Ryû - Jutaijutsu
• Kumogakure - Ninjutsu
• Gyokushin Ryû - Ninjutsu