Dix-huit domaines de compétence fondamentaux (bugei juhakkei, bugei juhappan) étaient enseignés aux guerriers du Japon médiéval, et les ninjas n'y échappaient pas (on parle alors de ninpo juhappan) :

• Seishin Teki Kyoyo (raffinage spirituel) : le ninja travaillait au développement d'une connaissance profonde et aigüe de lui-même, de ses forces et faiblesses. Des exercices d'endurance mentale, de perception et de perspective étaient dispensés parallèllement à son entraînement physique.
• Taijutsu (techniques à mains nues) : il comprenait :
  Le Dakentaijutsu (frappes des poings et des pieds, bloquages), qui inclue le Koppojutsu (bris des os) et le Kosshijutsu (frappe des nerfs et des muscles)
  Le Jutaijutsu (saisies), qui inclue le Nagewaza (projections) et le Shimewaza (étranglements)
  Le Taihenjutsu (déplacement silentieux, roulades, sauts, chutes), qui inclue l'Ukemi (chutes), le Kaiten (roulades) et le Hichojutsu (sauts)
• Ninja Ken (épée ninja) : l'épée ninja à lame droite, courte et à un seul tranchant, est considérée comme la première arme du ninja.
• Bojutsu (techniques du bâton) : le ninja Togakure utilisait le bo (bâton long de 6 pieds) et le hanbo (3 pieds), ainsi que des cannes et massues de diverses tailles. Les shinobi-zue, semblables extérieurement à des cannes de marche, recélaient des lames, des chaînes, ou des darts.
• Shurikenjutsu (techniques des lames de jet) : les shuriken étaient dissimulés dans des poches secrêtes, et servaient à harasser l'ennemi. Le Togakure-Ryu utilisait une étoile de jet spéciale à quatre pointes, nommée senban shuriken. Les bo shuriken étaient des darts droits.
• Yarijutsu (technique de la lance) : les ninja du Togakure-Jutsu apprenaient le maniement des lances standards japonaises comme armes de combat à moyenne distance. Les lances étaient rarement jetées lors du combat. Le Togakure-Ryu utilisait également la kama-yari ("lance-faucille"), une lance qui mesurait plus de 2 m 50 et était munie d'un crochet à son extrémité.
• Naginatajutsu (techniques de la hallebarde) : on s'en servait pour couper les jarrets des chevaux. Le ninja du Togakure-Ryu utilisait également le bisen-to, un fauchard massif.

• Kusarigama (chaine et faucille) : la chaine de cette arme servait à attraper l'adversaire, qu'on frappait avec la faucille à laquelle elle était attachée. Le kyoketsu-shoge, une arme similaire, était préférée du Togakure-Ryu.
• Kayakujutsu (feu et explosifs) : les ninjas étaient experts dans la mise en place et l'utilisation d'explosifs visant à démolir et à semer la confusion. L'apprentissage de l'utilisation des armes à feu apparut par la suite.
• Hensojutsu (déguisement et usurpation d'identité) : le travail d'espionnage nécessitait la capacité à assumer de fausses identités et à se déplacer sans être vu sur le théâtre des opérations. Le ninja devait savoir se déguiser rapidement en sept personnages classiques : saltimbanque (Sarugaku), ascète itinérant (komuso), moine de la montagne (yamabushi), acteur itinérant (hokashi), moine bouddhiste (sukke), fermier (tsunegata) et marchand (akindo)
• Shinobi iri (méthodes furtives) : le travail des déplacements (en silence ; pour couvrir de longues distances), de l'intrusion dans des endroits inaccessibles (franchir les murailles, rester dans l'ombre...).
• Bajutsu (équitation)
• Sui ren (techniques aquatiques) : nager silencieusement ; utiliser des embarcations spéciales ; combattre sous l'eau.
• Bo ryaku (stratégie) : l'apprentissage des tactiques non conventionnelles de tromperie, des complots politiques...
• Cho ho (espionnage) : l'art de localiser et de recruter des espions.
• Intonjutsu (évasion et dissimulation) : les ninjas étaient experts dans les techniques de "disparition" à volonté, qui faisaient un grand usage de la nature. Le goton-po (les 5 éléments d'évasion) était basé sur l'utilisation savante de la terre, de l'eau, du feu, du métal et du bois.
• Ten mon (météorologie)
• Chi mon (géographie)

En Kukishin-ryû, on parle de Happo Biken , les "8 voies et les épées secrêtes" :

• Taijutsu (déplacement du corps), Hichojutsu (sauts), Nawanage (jets de corde)
• Karate (combat à mains nues), Koppojutsu (bris d'os), Jutaijutsu (projections)
• Sojutsu (lance), Naginatajutsu (hallebarde)
• Bojutsu (bâton de 1,8m), Jojutsu (bâton de 1,2m), Hanbojutsu (bâton de 0,9m)
• Senban Nage (jet d'étoiles), Tokenjutsu (jet de lames), Shurikenjutsu (jet d'étoiles)
• Kajutsu (feux et explosifs), Suijutsu (techniques aquatiques)
• Chiku Jo (construction et pénétration de forteresses), Gunryaku Heiho (tactiques militaires)
• Onshinjutsu (dissimulation), Hensojutsu. (déguisement)
• Ken (épée), Kodachi (lames courtes), Jutte (bâton)